Để giúp cho chuyên ngành y tế công cộng ngày càng phát triển, tạo bước tiến mới cho y tế Việt Nam, góp phần tích cực vào sự nghiệp chăm sóc và bảo vệ sức khoẻ nhân dân trong thời kỳ mới; ngày 26 tháng 4 năm 2001 Thủ tướng chính phủ đã ra quyết định số 65/2001/QĐ-TTg thành lập trường Đại học Y tế công cộng.
Lịch sử hình thành và hoạt động của Trường
Năm 1990, Khoa Y tế công cộng đầu tiên được thành lập với sự tham gia của 3 đơn vị: Trường Cán bộ quản lý y tế, Bộ môn Vệ sinh dịch tễ Trường Đại học Y Hà Nội và Trung tâm Nhân lực y tế (tiền thân của Viện Chiến lược và chính sách y tế sau này). Trụ sở Khoa đóng tại Trường cán bộ quản lý y tế.
Cũng trong năm 1990, trường đã gia nhập Hiệp hội các trường đại học Y tế công cộng Châu Á Thái Bình Dương (APACPH) với đủ tiêu chuẩn của một trường đại học y tế công cộng.
Đặc biệt từ năm 1995, trước nhu cầu thực tiễn đòi hỏi cấp bách của việc phải xây dựng một cơ sở đào tạo y tế công cộng thực sự có hiệu quả, Bộ Y tế đã quyết định tập trung tăng cường phát triển năng lực của nhà trường, đặc biệt là phát triển nhân lực. Bộ đã bổ sung nhân lực cho đội ngũ lãnh đạo của Nhà trường. Từ đó, những cán bộ trẻ đã được tuyển chọn, gửi đi đào tạo cơ bản theo những chương trình tài trợ của Quỹ Rockefeller (RF), Ban Y tế New York (China Medical Board of New York CMB).
Năm 1995, Tại Trường Cán bộ quản lý y tế, một khung chương trình đào tạo cao học y tế công cộng đã được soạn thảo, với sự giúp đỡ của CMB, Hiệp hội các Trường đại học YTCC châu á Thái Bình Dương (APACPH) đặc biệt là sự tham gia trực tiếp của 5 Giáo sư hiệu trưởng 5 trường đại học y tế công cộng của Mỹ, Úc, Singapore, và Thái Lan.
Năm 1996, Trường với sự hỗ trợ của RF và Trung tâm Kiểm soát & Phòng chống bệnh tật Hoa Kỳ (CDC) đã xây dựng chương trình và đào tạo cao học y tế công cộng (còn gọi: thạc sĩ y tế công cộng). Bắt đầu từ năm 1997, Bộ Y tế và Bộ Giáo dục & Đào tạo đã ủng hộ cho phép Trường thí điểm đào tạo cao học y tế công cộng đầu tiên của Nhà trường và cũng là đầu tiên của Việt Nam, với khoá I là 24 học viên (năm 1997), một quy mô được coi là khá lớn so với một chương trình ở lúc bắt đầu. Với sự nỗ lực phấn đấu và phát triển không ngừng, nhà trường đã tiếp tục xây dựng chương trình đào tạo tiến sĩ YTCC và Thạc sĩ Quản lý Bệnh viện. Năm 2005 đã bắt đầu tạo tiến sĩYTCC và năm 2008 khóa Thạc sĩ Quản lý Bệnh viện đầu tiên đã được tuyển sinh.
Từ năm 1996 đến nay với sự giúp đỡ của CMB, RF, CDC Atlanta và trường đại họcTulane, nhà trường đã phát triển nhiều mặt từ nâng cấp kiến thức, đào tạo cán bộ có chất lượng có học vị tại những nơi có nền YTCC phát triển cao. Đến nay Trường đã có 15 cơ sở thực địa và 2 phòng thí nghiệm thực địa dịch tễ học tại các tỉnh, thành phố Hà nội, Hải Dương, Hưng Yên, Bắc Ninh, Hoà Bình. Trường đã và đang đào tạo thành công các khoá thạc sĩ y tế công cộng với kĩ năng và phương pháp của y tế công cộng gắn liền với thực địa (PHSWOW).
Đặc biệt gần đây, nhà trường còn đứng ra tổ chức những nghiên cứu quy mô lớn, liên kết với hầu hết các cơ sở giảng dạy y tế trong cả nước và huy động những cựu học viên cao học tham gia một cách tích cực.
Tháng 5 - 2008, trường ĐH YTCC đã chính thức là thành viên của hệ thống đào tạo sức khỏe quốc tế của Châu Âu (TropEd). Với cơ sở vật chất khang trang, Nhà trường sẵn sàng phục vụ đón tiếp sinh viên quốc tế từ hệ thống đào tạo TropEd tới học tập và nghiên cứu.
Bên cạnh đó trường đã và đang trao đổi sinh viên với các trường YTCC nổi tiếng trên thế giới như Tulane, Emory, Berkely, Johns Hopkins, và các trường khác.
Được sự cho phép của Chính phủ, với sự hỗ trợ của Tổ chức từ thiện Đại Tây Dương (Atlantic Philanthropies _ AP), nhà trường sẽ xây dựng thêm cơ sở 2 tại Hà Nội với tổng diện tích mặt bằng 9000m2. Đây sẽ là cơ sở đào tạo hiện đại và qui mô nhằm đáp ứng nhu cầu ngày càng tăng về chất lượng giảng dạy, học tập, nghiên cứu khoa học và các dịch vụ của Nhà trường.